Lasciando agli storici il descrivere minutamente lo stato politico d'Italia negli anni prossimi al 590, limitiamoci di seguire il Baronie, dottissimo scrittore degli annali ecclesiastici, in alcune notizie che riguardano questo capitolo.

Deplorevoli erano le condizioni della Chiesa in mezzo alle guerre continue che tanto turbavano la coscienza dei fedeli. Disordini ed abusi d'ogni maniera si erano introdotti nel Santuario: dissensioni, scismi ed eresie da per tutto. Nella Spagna i goti ancora ariani; nella Gallia i franchi ancora barbari, in Italia i longobardi ariani e barbari.

In Oriente si diffondevano le eresie di Nestorio, nell'Occidente poi il trionfo della tirannia era quasi completo. Si vedevano molti santi vescovi perseguitati e posposti agli scismatici: principi, che per private vendette, menavano in carcere, facevano battere ed assassinare sacerdoti e  vescovi: claustrali che violavano pubblicamente le regole professate.

L'inverno poi del 590 toccò il colmo delle sventure che gravavano  sull'Italia, stantecchè, quasi non bastasse il flagello delle guerre e delle  religiose persecuzioni a dimostrare il giusto sdegno di Dio, vi si aggiunse un altro terribile castigo, cioè le copiosissime piogge le quali cagionarono disastrose inondazioni.

S. Gregorio istesso ci narra nei suoi Dialoghi, a proposito dell'inondazione di Verona, che l'Adige, straripando dai suoi argini, investì la  chiesa di S. Zenone Vescovo e Martire. Il popolo, in gran parte ivi rifugiato. vide il sorprendente miracolo operato dal S. Martire. Le acque,  rispettando le porte del tempio, lasciate aperte, si sollevarono fin sopra  le finestre e, come solidificate tanto presso le porte che presso le finestre, non allagarono l'intemo del tempio.

Roma fu inondata dal Tevere, così impetuosamente, che moltissime case, palagi, chiese, ed altri edifizi, furono in parte danneggiati ed in parte atterrati. Nulla risparmiarono le acque: dispersero i cereali dai magazzini e portarono seco l'olio, vino e moltissime stoviglie e masserizie.

Come le acque si ritirarono, restò nella Città gran quantità di fango ed immondezze. Queste e l'umidità generarono una moltitudine di serpenti, parecchi dei quali erano di enorme grandezza. L'aria, contaminata dall'esalazione e fermentazione di tanto sfacelo fu causa del tremendo morbo epidemico chiamato peste.

Questo terrorizzante flagello, per quanto improvviso, fu altrettanto violento e si manifestò sotto diverse forme. Alcuni, dice il Feller, morivano starnutendo e sbadigliando, altri emettendo sangue dalle narici: ad alcuni si manifestarono delle macchie rossastre che poi divenivano livide e corrompevano la carne, ad altri nascevano dei tubercoli, che in breve spazio di tempo, s'ingrossavano talmente da gonfiare tutto il corpo in modo spaventevole.

La mortalità in tutta Roma e nelle sue adiacenze fu talmente grande che, dice il Viglio gas "ivi non si aiutavano gli uni cogli altri per seppellire i morti". L'infezione si estese anche alle bestie, che incarognite,  aumentavano la corruzione dell'aria. Guaste le sorgenti dalle acque  melmose, dispersi e corrotti i cereali, la fame si fece sentire in tutta la  sua ferocia; e fu perciò che la peste prese proporzioni spaventevoli, in  modo che le intere famiglie venivano distrutte. La paura del contagio  invase i romani in guisa che i figli abbandonavano i loro genitori e questi quelli. Le relazioni di amicizia, di parentela, di sangue, vennero rotte  per lo spavento di quel genere di morte. Le grida, i pianti, il dolore universale e la desolazione che regnavano da per tutto facevano crescere il  terrore.

Papa Pelagio Secondo e Gregario spiegarono tutta la loro carità per  mitigare tanto male; Pelagio fece della sua casa un ospedale per poveri: Gregario fu attivissimo per sovvenire a tutti i bisogni; ma Pelagio fu  una delle prime vittime del flagello, ed alla sua morte non v'ebbe che una sola voce in Roma quanto al successore che doveva essergli dato. La guerra era alla porte, la peste e la fame nell'interno, eppure rinasceva la speranza, perché il diacono Gregario, l'ex pretore della città era in Roma, e doveva essere il pastore di Roma e della chiesa universale.

 Tralasciando, per ora, di parlare del successore di Pelagio, proseguiamo ad occuparci della peste. S. Gregorio che provvisoriamente era a capo del regime della Chiesa, morto Papa Pelagio, faceva prodigi di zelo e di carità. Mandò in tutti gli angoli di Roma i suoi religiosi per aiutare, sovvenire e curare gl'infermi, seppellire i morti e provvedere al numero grande degli orfani. Largì tutto quanto aveva nel suo monastero per i pubblici bisogni, asciugò lacrime, confortò i morenti e spesse volte aiutò a seppellire!!

La peste intanto sempre più rapidamente infieriva, e Gregorio giudicò opportuno d'invitare i romani alle comuni penitenze per calmare l'ira Divina. Riunì il popolo nella chiesa di S. Sabina, nella quale recitò un sermone con cui eccitò tutti al pentimento delle proprie colpe che avevano provocata la collera di Dio: conchiuse coli'esempio dei niniviti e del Ladrone penitente che ottennero il perdono dei loro peccati a mezzo della penitenza. S. Gregorio di Tuors aggiunge che, terminato il sermone, fu dal medesimo oratore intimata una processione solenne per tré giorni consecutivi, ordinata così: I fedeli erano divisi in sette schiere e dovevano uscire, appena fatto giorno, da sette diverse chiese, per poi, uniti, recarsi alla basilica di S. Maria Maggiore. La prima schiera era formata da tutto il clero, la seconda da tutti i monaci e rispettivi Abati, la  terza da tutte le monache e loro Abbadesse, la quarta da tutti i fanciulli,  la quinta dai laici, la sesta da tutte le vedove, la settima dalle maritate.  Ciascuna di queste schiere veniva guidata dai preti delle propria chiesa  donde usciva, e tutti, portandosi alla basilica suddetta, cantavano le litanie dei Santi, la cui pratica era già in uso nella Chiesa e non, come alcuni  credono, istituita da S. Gregorio.

In una di tali processioni, ottanta persone caddero fulminate dal male in meno di un'ora. S. Gregorio non si scorò punto, fece raddoppiare anzi le preghiere ".. .e ripetere le processioni finché piacque a Dio di placare il suo furore, e cominciarono così a cessare le morti violente".

Dagli sbadigli e starnuti che, come si è detto, erano sintomi di morte imminente, ebbe origine, d'ordine S. Gregorio, il segnarsi di Croce in bocca, sbadigliando; ed il Dio vi salvi a chi starnuta. Così c'informa Artaud.

Verso la fine del contagio "Sulla mole Adrianafu veduto un Angelo che rimetteva la spada nel fodero, e in quell'occasione a quel mausoleo fu dato un nome di costei S. Angelo. In memoria di quell'apparizione fu su quel mausoleo stesso collocato un Angelo di marmo, che Benedetto XIV fece poi mutare in un altro di bronzo". Parecchi storici affermano che l'ultima delle processioni ordinate da S. Gregorio fu quella che ebbe luogo il 25 Aprile di quell'anno, giorno in cui solennizzavasi la Pasqua di nostro Signore. Fu allora che il popolo, recandosi alla chiesa di S. Maria Maggiore, portava divotamente il tradizionale ritratto di Maria Vergine, che fece S. Luca. Come il prodigioso  quadro percorreva le vie della città, così visibilmente dileguavasi d'innanzi ad esso l'aria contaminata, la quale veniva sostituita d'altra pura.  Prossima a giungere la processione alla chiesa suddetta, s'intese un coro  di Angeli, che cantavano il seguente inno:

Regina Coeli laetare,

Quia quem mentisti portare,

Resurrexit sicut dixit.

S. Gregorio a questi tré versetti aggiunse Valleluja col quarto verso:

Ora prò nobis Deum Alleluia

Questo Angelico canto, inserito dallo stesso Santo nelle altre antifone del breviario, è tuttora in uso nella Chiesa, e così suona tradotto:

Regina del Cielo, rallegratevi, poiché colui

Che avete avuto Infelicità di portare

Nel vostro seno è risuscitato siccome

Aveva promesso. Pregate per noi il Signore.

Terminata la peste S. Gregorio non vide chiuso il campo al suo zelo ed alla sua carità; ma continuò ad interessarsi con tutto ardore dei superstiti, risparmiati dal morbo fatale. La Provvidenza par che si faccia proprio sostituire da lui.

Egli è da per tutto ed è di tutti! Miseri orfani, orbati genitori, timide zitelle, derelitte vedove, ogni sesso, ogni età, ogni dolore, ogni affanno trova in lui inesausta sorgente di protezione e conforto.

Ma la gioia, che egli sentiva nell'effondere a vantaggio degli infelici tutta la pienezza del suo amore paterno, veniva turbata di tanto in tanto dal timore della carica Pontificia che il popolo di Roma, altri non credendo più degno del diacono Gregorio, dell'ex pretore, voleva conferirgli; ma che il santo si era risoluto si rifiutare.